日本のかくれキリシタンにとって復活の機会になったのは、1865年長崎の大浦天主堂の落成がそれでしょう。日本国内に潜伏キリシタンの存在を思い、開国後に横浜や長崎に渡来していたフランス人宣教師のうち、長崎に来たプチジャン神父はフェーレと共に大浦天主堂を建立しました。
同年神父はフランス寺見物と称して天主堂を訪れた浦上の潜伏キリシタンに信仰の告白をうけて、信徒の発見を果たしました。これを「キリシタンの復活」といいます。復活とはカトリック教会の教階制に入るということです。
　1871年（明治4）、明治政府は宗門人別帳廃止を決定し、信教の自由を認めました。